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人類基因組論文出錯比例高得“離譜”

2021-08-10 20:45:21 來源:《中國科學(xué)報》

近日,一項對近12000篇人類遺傳學(xué)論文的計算機輔助分析發(fā)現(xiàn),其中700多個研究包含的DNA或RNA序列存在錯誤。該研究負責(zé)人、澳大利亞悉尼大學(xué)癌癥專家Jennifer Byrne認為,這一比例值得警醒,表明人類基因組研究中的一部分是不可靠的。

也許上述這些錯誤是偶然出現(xiàn)的,但研究人員懷疑,也有可能存在學(xué)術(shù)欺詐。

2015年以來,Byrne一直在尋找遺傳學(xué)研究中的錯誤。此前,她在5篇涉及一項常見實驗(使用一小段DNA使癌細胞中的基因失活)的論文中發(fā)現(xiàn)了問題——實驗所用的核苷酸序列是錯誤的。此外,它們還使用了相似的語言表達和數(shù)據(jù)。Byrne懷疑它們出自一家“論文工廠”,即由第三方公司根據(jù)“訂單”提供論文。

目前,這5篇論文中的4篇論文已經(jīng)被撤回。隨后,Byrne繼續(xù)尋找存在類似問題的論文。

2017年,Byrne與法國格勒諾布爾大學(xué)計算機科學(xué)家Cyril Labb合作,創(chuàng)建了名為Seek &Blastn的軟件,它能夠識別出研究中潛在的錯誤。

例如,該軟件可以從論文中提取短核苷酸序列,并將其與開放核苷酸數(shù)據(jù)庫Blastn中的數(shù)據(jù)進行比較,以檢查它們是否與研究預(yù)期的人類基因組相匹配。然后,研究人員會手動檢查每個被標記出的不匹配的地方。

研究小組利用該軟件對《基因》和《腫瘤學(xué)報告》(這兩本期刊此前發(fā)表過有問題的論文)上的相關(guān)論文進行了篩選,包括2007年至2018年發(fā)表于《基因》的7400篇原始論文,以及2014年至2018年發(fā)表于《腫瘤學(xué)報告》的3800篇開放獲取論文。

經(jīng)過人工檢查,研究人員發(fā)現(xiàn)《腫瘤學(xué)報告》論文中約有12%的核苷酸序列存在問題,《基因》論文中存在上述問題的只有2%。此外,Byrne帶領(lǐng)研究小組還對此前出現(xiàn)過問題的癌癥遺傳學(xué)亞領(lǐng)域的研究論文進行了篩查,結(jié)果發(fā)現(xiàn),在約600篇相關(guān)論文中,超過25%的論文核苷酸序列存在錯誤。

相關(guān)論文近日發(fā)布在預(yù)印本平臺bioRxiv上。研究人員表示,他們發(fā)現(xiàn)的核苷酸序列存在錯誤的論文比例高得令人無法接受。他們已經(jīng)給所有能夠找到編輯聯(lián)系方式的相關(guān)期刊或出版商發(fā)送了電子郵件,其中一些回復(fù)說將對這些存在問題的論文進行調(diào)查。(徐銳)

[ 責(zé)編:武玥彤]

標簽: 人類 基因組 論文 出錯